Chiến tranh Việt Nam đã đặt lượng công việc rất to lớn lên Vịnh Subic. Căn cứ trở thành trạm phục vụ và siêu thị cho Đệ thất Hạm đội Hoa Kỳ sau Sự kiện Vịnh Bắc Bộ năm 1964. Từ con số trung bình 98 chuyến tàu ghé thăm cảng mỗi tháng trong năm 1964 vượt lên đến con số trung bình 215 chuyến vào năm 1967, với khoảng 30 tàu luôn có mặt ở cảng bất cứ thời điểm nào. Một con số kỷ lục được lập là vào tháng 10 năm 1968 có đến 47 tàu trong cảng.

Cơ sở giải trí và giao dịch trao đổi chính gần cổng chính cũng như 100 đơn vị nhà ở được xây dựng. Có đến 4.224.503 lượt thủy thủ ghé Vịnh Subic trong năm 1967.

Vào ngày 12 tháng 6 năm 1968 Tướng William Westmoreland viếng thăm Vịnh Subic và cảm ơn nhân viên của căn cứ đã trợ giúp khi ông làm tư lệnh lực lượng Mỹ tại Việt Nam.

Theo sau sự sụp đổ của Sài Gòn trong mùa hè năm 1975 hàng trăm ngàn người tị nạn bỏ trốn khỏi Việt Nam. Hàng ngàn trong số đó được tàu Hải quân Hoa Kỳ cứu vớt ngoài khơi và đưa vào Vịnh Subic. Một trung tâm tiến hành thủ tục tạm thời được thiết lập trên đảo Grande trong năm 1975. Sau đó họ được đưa sang Trung tâm Tiến hành Thủ tục Tị nạn Philippines (Philippine Refugee Processing Center) tại Morong, Bataan.

Thỏa ước Căn cứ Quân sự năm 1947 được tu chính vào năm 1979, thay đổi vai trò của người Mỹ tại Vịnh Subic từ làm chủ sang làm khách. Bản tu chính xác nhận chủ quyền của Philippines trên căn cứ và giảm khu vực dành cho Hoa Kỳ sử dụng từ 244 km² xuống 63 km². Quân đội Philippines đảm nhiệm trách vụ vòng ngoài chu vi của căn cứ để giảm các biến cố giữa quân sự Hoa Kỳ và dân sự Philippines.